ภารกิจกลุ่มงานจัดการสิ่งแวดล้อมธรรมชาติ มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
๑) จัดทำนโยบาย ยุทธศาสตร์ แผนแม่บท แผนบูรณาการ แผนปฏิบัติการ แนวทาง มาตรฐาน และมาตรการอนุรักษ์ คุ้มครอง และฟื้นฟูคุณภาพสิ่งแวดล้อมธรรมชาติในพื้นที่แหล่งธรรมชาติ
๒) ประสานการแปลงนโยบาย ยุทธศาสตร์ แผน แนวทาง มาตรฐานและมาตรการอนุรักษ์ คุ้มครอง และฟื้นฟูคุณภาพสิ่งแวดล้อมธรรมชาติ ไปสู่การปฏิบัติอย่างบูรณาการในระดับพื้นที่
๓) ประสานติดตามตรวจสอบและประเมินผลการดำเนินงานตามนโยบาย ยุทธศาสตร์ แผน แนวทาง มาตรฐาน และมาตรการอนุรักษ์ คุ้มครองและฟื้นฟูคุณภาพสิ่งแวดล้อมธรรมชาติ
๔) ให้ข้อมูล คำปรึกษาและเสนอแนะนโยบาย แผน แนวทาง มาตรฐาน และมาตรการบริหารจัดการ ควบคุม ป้องกัน แก้ไขและลดผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อมธรรมชาติ รวมทั้งมาตรการจูงใจในการอนุรักษ์ คุ้มครองและฟื้นฟูคุณภาพสิ่งแวดล้อมธรรมชาติ ที่มีประสิทธิภาพ และการใช้ประโยชน์อย่างสมดุล
๕) ศึกษา วิเคราะห์ ประเมินคุณค่าและคุณภาพสิ่งแวดล้อมของแหล่งธรรมชาติ เพื่อจัดลำดับความสำคัญ กำหนดเขตอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมธรรมชาติ และดำเนินการประกาศเขตอนุรักษ์ฯ รวมทั้ง กำหนดนโยบาย แผน แนวทางและมาตรการในการบริหารจัดการพื้นที่อย่างเหมาะสมและมีประสิทธิภาพ
๖) ส่งเสริมและสนับสนุนการพัฒนาศักยภาพภาคีเครือข่าย สร้างกระบวนการเรียนรู้ให้คำแนะนำด้านเทคนิควิชาการ และแนวทางการบริหารจัดการ อนุรักษ์คุ้มครองและฟื้นฟูคุณภาพสิ่งแวดล้อมธรรมชาติของแหล่งธรรมชาติ
๗) พัฒนาระบบฐานข้อมูลด้านสิ่งแวดล้อมธรรมชาติ เพื่อการบริหารจัดการเชิงพื้นที่และการบริการ
๘) ดำเนินการตามแผนการจัดการแหล่งมรดกของชาติไทย โดยการสร้างความรู้ ความเข้าใจในการอนุรักษ์แหล่งธรรมชาติ และการสร้างเครือข่ายสนับสนุนการประกาศแหล่งมรดกของชาติไทย
๙) ให้ข้อคิดเห็นทางวิชาการแก่คณะรัฐมนตรี คณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ คณะกรรมการและคณะอนุกรรมการเฉพาะเรื่องเกี่ยวกับการอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมธรรมชาติ
๑๐) ปฏิบัติหน้าที่ในฐานะฝ่ายเลขานุการของคณะกรรมการ คณะอนุกรรมการและคณะทำงานที่เกี่ยวข้องกับการอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมธรรมชาติ
๑๑) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย